Fue fundado en 1553 por misioneros agustinos, acto realizado bajo al advocación de san Agustín y Nuestra Señora de Altagracia. Fue nombrada como Muy ilustre y fiel ciudad por el general José de San Martín, y fue escenario de la Batalla de Huamachuco (10 de julio de 1883), episodio final de la Guerra del Pacífico donde las tropas de la resistencia lideradas por Andrés Avelino Cáceres son derrotadas por tropas chilenas al mando del Coronel Alejandro Gorostiaga.

Huamachuco conserva mucho de su cultura ancestral, debido a la continuidad de costumbres ancestrales en danzas como Contradanza, platos típicos y artesanías.