Antes de la conquista española, la región de Lima estaba habitada por varias culturas precolombinas, incluyendo la cultura lima, la cultura wari y la cultura ichma. Los Incas conquistaron la región a finales del siglo XV; no obstante, la presencia inca en la región fue breve y no dejó una huella significativa en la ciudad.

En 1532, Francisco Pizarro llegó a Perú con la intención de conquistar el Imperio inca. En 1533, Pizarro capturó al emperador inca Atahualpa, y en 1535, fundó la ciudad de Lima en la costa del Pacífico. Lima se convirtió en la capital del virreinato del Perú, y en el centro administrativo y comercial más importante de América del Sur durante la época virreinal.